San Juan de Manzanillo
A principios del siglo XVII cambia la estrategia defensiva, se prefiere fortificar la entrada de la bahía interior en vez del paso de Bocagrande, ordenándose en una Cédula Real de 1626 la demolición del fuerte de San Matías y de la plataforma de Santángel, situados en Punta Icacos y Tierrabomba respectivamente. El gobernador Francisco de Murga impulsa la construcción del fuerte de Santa Cruz en Punta Judío y de la plataforma de San Juan, erigida hacia 1631 en la isla de Manzanillo. El Santa Cruz, también conocido como Castillogrande, y el San Juan impedían el acceso al surgidero mediante su cruce de fuegos.
El naufragio que cierra el paso de Bocagrande en 1640 modifica de nuevo el planteamiento defensivo siendo ahora Bocachica donde se concentre la mayor fuerza militar, y por ello se ordena desmantelar Castillogrande y Manzanillo. Las obras se demoran y Manzanillo no desaparece, pero sí permanece abandonado hasta el ataque del barón De Pointis 1697, cuando queda parcialmente destruido.
En 1724 el ingeniero Juan de Herrera y Sotomayor propone ampliar la plataforma que venía usándose como depósito, pero la Corona prefiere realizar algunas reparaciones para albergar artillería y pertrechos. Su escasa importancia militar quedará demostrada durante el asedio de Vernon en 1741, cuando las fuerzas inglesas no atacaron la guarnición que allí se encontraba y que quedó aislada durante el sitio. Bocachica centrará la defensa de la ciudad a partir de entonces y San Juan quedará relegado a depósito.
El San Juan contaba con dos medio baluartes al norte unidos por una muralla atronerada y curva, un aljibe y un patio de armas dividido en dos partes. Actualmente se conserva el almacén de pertrechos, que fue restaurado por el arquitecto Germán Téllez hacia 1980 e integrado en la casa de Huéspedes Ilustres de Colombia.