Siglos XIX y XX
San Felipe siguió siendo un enclave estratégico en la defensa de la ciudad durante los movimientos independentistas pero una vez lograda la liberación y la pacificación del territorio, el castillo fue perdiendo importancia hasta terminar siendo abandonado. Invadido por la maleza y ocupados sus alrededores con casas particulares, estuvo a punto de desaparecer al ser utilizado durante varias décadas como cantera. Debido a las presiones realizadas desde unos pocos periódicos concienciados de la importancia patrimonial del fuerte, se cedió finalmente su titularidad a la República de Colombia el 22 de agosto de 1887. Pero no sería hasta 1928 cuando la Sociedad de Mejoras Públicas encargó al señor Carlos Crismatt la restauración del fuerte, que unido al traslado de las casas ubicadas en sus proximidades logró rescatar San Felipe para los cartageneros y la nación.
En 1969 la Batería de San Lázaro, donde se ubicaban los tres grandes aljibes del castillo, se derrumbó debido a fallas en el terreno y fue reconstruida en parte, emplazando en su interior oficinas, una década después. Hoy en día se sigue trabajando en la conservación de este excepcional legado para las generaciones futuras.