El Bonete (1657 - 1697)
Fue el gobernador Melchor Aguilera, quien en 1639, ya advirtió de la necesidad de fortificar el cerro con un bonete, pero la negativa de los oficiales de la Real Hacienda imposibilitó la obtención de los fondos para su construcción, limitándose las obras a allanar el futuro emplazamiento del fuerte. El proyecto no se olvidó y ocho años después una real cédula ordenaba erigir en dicho cerro un castillo, pero nuevamente su construcción fue aplazada.
No sería hasta el 12 de octubre de 1657 cuando la iniciativa del gobernador Pedro Zapata finalizó la construcción del primitivo San Felipe de Barajas, nombrado así en honor del monarca reinante Felipe IV y del título nobiliario de los ancestros del gobernador, los Condes de Barajas. Zapata consiguió reunir entre los vecinos los donativos necesarios para realizar la obra, que puso a cargo del maestro mayor Gaspar Mejía quien, siguiendo la traza del holandés Ricardo Carr, edificó un pequeño fuerte de ocho cañones “a barbeta” con espacio para una guarnición de veinte soldados y cuatro artilleros. El San Felipe de esta primera etapa contaba con tres mediobaluartes para los vértices (dos para el sector norte y uno para el sur), cuatro garitas, pozo de agua, cuartel, almacén y puerta de acceso hacia el oeste.
Ese fue el fuerte que el Barón de Pointis halló y rindió el 20 de abril de 1697, decidiendo así la suerte de la ciudad, que no tardaría en ser saqueada. La importancia estratégica de San Felipe quedaba clara y por esta razón reconstruirlo y ampliarlo fue una constante en la siguiente centuria.